Ngày 1/6/2017, Tổng lãnh sự quán Pháp tại TP Hồ Chí Minh thông báo cho ông, Chủ tịch nước Trần Đại Quang đã ký văn bản tước quốc tịch đối với ông vào hôm 17/5. Ông Hoàng cho là ý định tước quốc tịch có mục đích là để trục xuất ông.[4]

Tại cuộc họp báo thường kỳ của Bộ Bộ Ngoại giao Việt Nam hôm 15/6/2017, người phát ngôn Lê Thị Thu Hằng cũng nói ông Hoàng đã 'phạm pháp' và xâm phạm an ninh quốc gia của Việt Nam, việc tước quốc tịch Việt Nam đối với nhà giáo Phạm Minh Hoàng, là 'đúng pháp luật'. Theo ông Hoàng, một văn bản tước quốc tịch được Chủ tịch nước của Việt Nam, ông Trần Đại Quang ký, đã không nêu rõ ông vi phạm vào điều khoản nào trong luật Quốc tịch và đây cũng là lý do ông đã gửi khiếu nại cách đây năm hôm tới lãnh đạo nhà nước với sự trợ giúp của các luật sư.[14]

Ngày 23 tháng 6, ông Hoàng đã bị công an Việt Nam tới nhà bắt đi để trục xuất.[15] Cuộc trục xuất xảy ra ngay trong đêm 24/6, trên chuyến bay hành trình từ TP Hồ Chí Minh đến Paris của Vietnam Airlines. Trong số những người ra đón ông Hoàng tại sân bay ở Paris có ông Đặng Xuân Diệu, cựu tù nhân lương tâm, người bị Việt Nam "cho đi chữa bệnh" hồi tháng 1/2017.[5]

Căn cứ pháp lý

Theo quy định tại Điều 31 của Luật quốc tịch, hai nhóm chủ thể sau đây có thể bị tước quốc tịch:

“1. Công dân Việt Nam cư trú ở nước ngoài có thể bị tước quốc tịch Việt Nam, nếu có hành vi gây phương hại nghiêm trọng đến nền độc lập dân tộc, đến sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam hoặc đến uy tín của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam.

2. Người đã nhập quốc tịch Việt Nam theo quy định tại Điều 19 của Luật này dù cư trú ở trong hoặc ngoài lãnh thổ Việt Nam cũng có thể bị tước quốc tịch Việt Nam, nếu có hành vi quy định tại khoản 1 Điều này.”

Theo luật sư Lê Công Định thì "Trên thực tế, anh Phạm Minh Hoàng chưa từng xin nhập tịch Việt Nam theo Điều 19 của Luật quốc tịch, trái lại anh chỉ xin hồi hương và được nhà nước Việt Nam chính thức xác nhận rằng anh vẫn giữ (chứ không phải được nhập) quốc tịch Việt Nam." Cho nên ông Hoàng không thuộc vào 2 nhóm nêu trên.[16]